Pada abad ke-24 di planet Aqua, tiga gadis—Akari Mizunashi, Alice Carroll, dan Aika S. Granzchesta—terus bekerja keras untuk mencapai tujuan mereka menjadi Prima Undines: pemandu wisata profesional gondola. Beruntung, para gadis ini mendapat bimbingan dari tiga Prima Undines terbaik di Neo-Venezia—Alicia Florence, Athena Glory, dan Akira E. Ferrari—yang dikenal sebagai “Water Fairies” sebagai penghormatan atas keahlian mereka. Dengan bantuan mereka, para murid muda ini berlatih keras dan berusaha mengatasi segala situasi yang mereka hadapi.

Aria The Origination mengikuti perjuangan dan kehidupan sehari-hari ketiga gadis muda ini, yang berusaha sebaik mungkin untuk meningkatkan kemampuan mereka sebagai pemandu wisata gondola di Neo-Venezia, replika Venesia yang telah diubah secara buatan.