Setelah perang antar planet di awal abad ke-21, planet Bumi menjadi puing-puing, dengan sebagian besar ekosistemnya hancur total. Karena tidak mungkin lagi menjalani kehidupan normal di planet ini, para penghuninya terpaksa pindah ke planet lain di mana kehidupan, mudah-mudahan, akan lebih nyaman.

Organisasi Perdagangan Galaksi Dalam, sebuah pemerintahan totaliter yang mempengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan bahwa musik harus dilarang dan dihancurkan untuk selamanya. Kelompok bakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota asli AKB48 yang pernah tinggal di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, mereka menjadikannya sebagai misi untuk menghidupkan kembali musik mereka dengan melakukan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik yang mereka bisa, sementara juga menghindari bahaya terus-menerus ditangkap karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia-dengan musik!