Dalam dunia Duel Monster yang terus berkembang, seiring dengan meningkatnya kemampuan para duelist dan naiknya peringkat, duel menjadi semakin kompleks. Dengan mematuhi aturan yang ketat, selain menggunakan dan mempelajari strategi yang telah terbukti, seseorang dapat berkembang menjadi duelist yang kuat. Namun demikian, sebagai anak laki-laki yang menyukai penemuan dan menemukan berbagai kemungkinan baru, siswa sekolah dasar, Yuuga Oudou, merasa bahwa cara berduel yang ada saat ini mudah ditebak dan kaku-dengan kata lain, membosankan.

Oleh karena itu, dia bertujuan untuk membuat jalur baru dalam berduel dengan penemuan barunya yang menggembirakan: Rush Duels. Ambisinya segera menarik perhatian Tatsuhisa Kamijou, sesama siswa sekolah dasar, yang membawanya ke sebuah tempat misterius dalam upaya menemukan potensi sistem baru.

Sementara Yuuga bertujuan untuk mengimplementasikan Rush Duels sebagai standar duel baru dan menggulingkan konvensi permainan, dia membuka pintu menuju tujuan utamanya-untuk membuat duel menjadi menarik lagi.