Yuusei Fudou bertekad untuk mengambil kembali apa yang telah dicuri darinya.

Dunia duel telah berkembang, dengan Riding Duels menjadi puncak hiburan bagi penduduk Neo Domino City. Pertarungan ini dimainkan di atas D-Wheels, sebuah perpaduan antara Duel Disks dan motor. Setelah Yuusei, yang memiliki keahlian mekanik, berhasil membangun D-Wheel-nya sendiri, mantan temannya Jack Atlas mencuri D-Wheel tersebut bersama kartu terbaik Yuusei, Stardust Dragon; meninggalkan kota kelahiran mereka yang rusak, Satellite, ia melarikan diri ke Neo Domino City.

Dalam dua tahun sejak itu, Jack telah naik ke puncak dunia duel, sementara Yuusei mempersiapkan diri berkat bantuan teman-temannya. Dengan D-Wheel barunya yang sudah selesai, ia kini berangkat ke Neo Domino City, dengan tujuan tunggal untuk menemukan Jack. Tanpa disadari keduanya, ada hal-hal yang jauh lebih besar dipertaruhkan daripada yang mereka bayangkan, dengan dalang yang menarik benang di balik layar.