Pada tahun 1960-an, seorang mahasiswa kedokteran muda yang berbakat mencoba untuk membuat nama untuk dirinya sendiri. Kuroo Hazama adalah seorang pemuda pendiam dengan rambut hitam-putih yang tidak biasa, tubuh yang dipenuhi bekas luka, dan masa lalu yang kelam. Meskipun hanya seorang mahasiswa kedokteran, kecemerlangan bedahnya mulai menarik perhatian setelah dia menyelesaikan operasi yang tampaknya mustahil. Bersama dengan dokter magang Maiko Okamoto yang bersemangat dan jujur serta Yabu, seorang teman dekat yang memiliki kehidupan yang sulit, Hazama mengabdikan dirinya untuk dunia kedokteran.

Namun, jalannya untuk menjadi dokter bedah yang terhormat sangat sulit karena kerusuhan mahasiswa, perang, dan korupsi melanda Jepang. Hazama dengan cepat menemukan dirinya terjebak dalam serangkaian keadaan jahat yang menantang integritasnya sebagai manusia dan jalannya untuk menjadi seorang ahli bedah. Young Black Jack mengisahkan kisah seorang pria yang mampu melakukan tindakan kedokteran yang tak terpikirkan sebelumnya, dan perjalanan yang membawanya menjadi legenda yang dikenal sebagai Black Jack.