Kimihiro Watanuki dapat melihat arwah dan makhluk gaib lainnya, kemampuan yang sangat mengganggu dan sangat dibencinya. Suatu hari, saat pulang ke rumah, dia diganggu oleh beberapa arwah dan secara misterius terpaksa masuk ke sebuah rumah aneh. Di sana, ia bertemu dengan Yuuko, seorang wanita misterius yang mengklaim dapat menghilangkan kemampuannya untuk melihat dan menarik makhluk-makhluk mengganggu tersebut—dengan imbalan tertentu. Ia meminta Watanuki untuk bekerja di “toko” miliknya yang mengabulkan permintaan orang-orang, dan begitulah petualangan Watanuki melalui peristiwa-peristiwa aneh dan menakjubkan pun dimulai.