Anime Wonderful Precure! berlatar di Animal Town, sebuah kota tempat hewan dan manusia hidup berdampingan secara harmonis. Siswa SMP kelas dua Iroha Inukai bersahabat baik dengan anjingnya yang bernama Komugi. Suatu hari saat berjalan-jalan, Iroha dan Komugi bertemu dengan makhluk misterius bernama Garugaru, yang mengamuk di kota itu. Komugi tiba-tiba berubah menjadi Pretty Cure bernama Cure Wonderful, untuk melindungi Iroha.