Sakura dan Syaoran hidup dengan damai di negara gurun Clow. Meskipun Raja tidak menyetujui hubungan asmara yang sedang berkembang antara putri dan temannya yang arkeolog, hari-hari mereka tetap bahagia meski sedikit membosankan. Namun, semuanya berubah ketika Sakura muncul di hadapan Syaoran dalam keadaan trance dengan sayap di punggungnya. Ketika sayap itu larut menjadi bulu dan Sakura kehilangan kesadaran, Syaoran tergerak untuk bertindak.

Syaoran segera mengetahui bahwa ia harus mengumpulkan bulu-bulu Sakura, yang tersebar di berbagai realm, untuk melindungi nyawanya. Setelah membuat kesepakatan dengan Penyihir Dimensi Yuuko Ichihara, Syaoran bermitra dengan Mokona Modoki, makhluk yang memiliki kekuatan untuk menyeberangi realm. Menemani Syaoran dalam perjalanan ini adalah Fai D. Flourite, seorang pria yang bebas dari kekhawatiran yang melarikan diri dari penganiayaan di dunia asalnya, dan Kurogane, seorang pedang yang terpaksa bepergian untuk mengasah kekuatan dan karakternya. Bersama-sama, aliansi aneh ini bekerja untuk mengembalikan bulu-bulu Sakura—terlepas dari seberapa mustahilnya menemukan semuanya.