Muak dengan masyarakat, anak-anak muda di seluruh Neo-Tokyo membentuk suku untuk menemukan tempat mereka di dunia. Namun, kesetiaan kelompok di antara mereka tumbuh sengit dan sering kali berujung pada kekerasan. Sebagai tindakan balasan, pemerintah menerapkan Undang-Undang XB—yang menyatakan bahwa konflik suku harus diselesaikan melalui Bisbol Ekstrem. Dari pemain yang menggunakan tongkat pemukul yang dapat diperpanjang hingga pelempar yang mengenakan peralatan khusus, Bisbol Ekstrem adalah versi futuristik dari olahraga tersebut dengan aturan yang dimodifikasi, lebih sedikit batasan, dan penerapan teknologi yang aneh.

Ketika sekelompok anak muda menindas Haru Shirokane yang tidak punya nyali, ia diselamatkan oleh pasangan yang tidak terduga: Shun Kamiya dan Taiga. Ternyata, Shun adalah pemain bintang Bisbol Ekstrem yang memimpin Suku Minato, tim peringkat teratas di Kota Minato. Sementara itu, Taiga bertujuan untuk mengalahkan Shun dengan harapan menjadi yang terkuat dalam olahraga tersebut. Dalam serangkaian kejadian spontan yang memungkinkan Shun menemukan potensi mereka, Taiga dan Haru terikat untuk bergabung dengan Suku Minato.

Saat suku-suku di seluruh Kota Minato menghadapi ancaman baru yang dipimpin oleh Oujirou Otori yang misterius, Suku Minato mungkin hanya membutuhkan kekuatan dua pendatang baru mereka untuk mengatasi cengkeraman kejahatan.