Sihir Onmyoudou pernah menjadi teknik ampuh yang digunakan oleh orang Jepang selama Perang Dunia kedua agar mereka dapat meraih kemenangan dan membangun negara mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Namun, Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji yang dihormati, Yakou Tsuchimikado, menyebabkan “Bencana Spiritual Besar”, sebuah peristiwa yang melanda Tokyo sampai sekarang. Sebagai hasil dari kecelakaan ini, Badan Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan masuk ke dunia.

Sekarang, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai macam aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang dapat menggunakan sihir ini, seperti halnya Harutora, seorang anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun telah berjanji untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan reinkarnasi Yakou, yang merupakan teman akrabnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk hidup normal. Namun, ketika seorang anggota terkemuka dari Agensi Onmyou mencoba untuk menciptakan kembali eksperimen yang sama yang menyebabkan keruntuhan Jepang, dia memutuskan untuk menepati janjinya dan bertempur di sisi Natsume.