Mantan pemain bisbol yang berubah menjadi anak nakal, Taishi Fura, secara tidak sengaja menyaksikan “hantu” pemakan manusia yang dikenal sebagai Lantern melukai teman lamanya dan membunuh orang lain. Sebelum situasi menjadi lebih buruk, teman sekelas Fura, Kishou Arima, tiba-dia sebenarnya adalah seorang penyelidik yang menyamar untuk Komisi Kontra Ghoul (CCG)-dan memaksa ghoul tersebut untuk melarikan diri.

Untuk membalas dendam kepada teman-temannya, Fura bergabung dengan Arima untuk memburu para hantu di Bangsal ke-13-yang pada akhirnya bertujuan untuk menjatuhkan Lantern.

Tokyo Ghoul: “Jack” mengungkap potongan-potongan kehidupan di masa lalu dari “Reaper” yang menakutkan di CCG, Arima, memberikan wawasan tentang bagaimana ia menghabiskan masa-masa SMA-nya.