Ketika ketegangan antara dunia sihir dan Kota Akademi terus meningkat, Touma Kamijou dan tangan negasinya harus berhadapan dengan esper dan penyihir untuk melindungi kehidupan orang-orang di sekitarnya. Tentu saja, dia tidak sendirian dalam pertarungannya; baik di sisinya atau di luar pandangannya, sekutu dan musuh baik yang lama maupun yang baru akan masuk ke dalam pertarungan untuk membantunya.

Toaru Majutsu no Index II melanjutkan kisah aksi dan komedi, karena skala pertempuran Touma dan sekutunya semakin besar. Konflik perlahan-lahan muncul di cakrawala, dan sihir serta ilmu pengetahuan akan bertemu sekali lagi dalam perang yang akan datang.