Akademi Swasta Seikyou, yang dibangun di atas intrik mitos gaib tradisional, memiliki masa lalu yang kelam-selama 60 tahun, tempat ini dihantui oleh hantu yang dikenal sebagai Yuuko, seorang wanita muda yang secara misterius meninggal di ruang bawah tanah gedung sekolah tua. Tanpa ingatan akan kehidupan dan kematiannya, Yuuko secara diam-diam menemukan dan mengepalai Klub Investigasi Paranormal untuk mencari jawaban.

Sebuah pertemuan kebetulan membuat Yuuko dekat dengan mahasiswa baru yang rajin, Teiichi Niiya, yang dapat melihat hantu unik. Mereka dengan cepat menjadi dekat, dan dia memutuskan untuk membantunya. Bersama Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan Momoe Okonogi yang masih duduk di kelas dua, mereka menyelidiki Tujuh Misteri yang terkenal di sekolah bertingkat itu.