Meskipun Quinella telah dikalahkan oleh Paus Gereja Axiom, keadaan belum sepenuhnya tenang. Setelah menghubungi dunia nyata, Kazuto “Kirito” Kirigaya mengetahui bahwa Kura-kura Samudra-mega-pengapung yang dikendalikan oleh Rath-telah diserbu. Karena korsleting yang disebabkan oleh para perampok, lampu senter Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman dengan orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadarkan diri kembali ke kampung halaman mereka-Desa Rulid, mengabaikan pembuangannya karena kejahatan yang belum terpecahkan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan yang biasa dan damai di dekat desa, berharap Kirito sadar.

Namun, tragedi terjadi ketika Alice menyadari bahwa Wilayah Kegelapan sudah mulai menyerang Kekaisaran Manusia. Dengan menggunakan nama samaran sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, ia berjanji untuk mengalahkan Wilayah Kegelapan demi mempertahankan dunia yang telah bekerja keras untuk melindungi Kirito dan Eugeo.