Kyon telah terjebak dalam berbagai petualangan belakangan ini—semua karena klub SOS Brigade dan pemimpinnya yang penuh semangat, Haruhi Suzumiya. Dia sudah lama berhenti percaya pada hal-hal supranatural, tetapi setelah dipaksa bergabung dengan klub ini hanya karena alasan itu, dia telah menyaksikan hal-hal yang tidak dapat dijelaskan secara logis.

Menemani Kyon dalam petualangan-petualangan anehnya adalah Mikuru Asahina yang pemalu dan pendiam, Yuki Nagato yang gemar membaca, dan Itsuki Koizumi yang selalu ceria. Baik itu liburan musim panas atau festival sekolah, hal-hal yang melibatkan klub mereka dan Haruhi sendiri selalu berakhir menjadi aneh.