Summer Pockets berlatar di pulau terpencil, pedesaan, dan damai di Laut Pedalaman Seto yang disebut Torishirojima, yang berpenduduk sekitar 2.000 orang. Tokoh utamanya, Hairi Takahara, tumbuh di lingkungan perkotaan, tetapi setelah sebuah insiden yang tidak mengenakkan, ia menggunakan kematian neneknya baru-baru ini sebagai alasan untuk datang ke pulau itu untuk mengurus penjualan harta warisannya.

Sesampainya di sana, ia mengenal empat gadis, yang menjadi fokus cerita: Shiroha Naruse, yang lupa akan liburan musim panasnya; Ao Sorakado, yang mengejar legenda pulau itu; Kamome Kushima, seorang gadis kelas atas yang mencari kapal bajak laut; dan Tsumugi Wenders, seorang gadis muda yang mencoba menemukan jati dirinya.