Magano, dunia paralel yang dipenuhi dengan monster yang dikenal sebagai “Kegare”, adalah tempat para pengusir setan berurusan dengan semua ketidakmurnian. Benio Adashino adalah pengusir setan luar biasa yang dikenal karena kekuatannya dan dipanggil ke Tokyo oleh Serikat Pengusir Setan. Dalam perjalanannya, dia jatuh ke dalam pelukan Rokuro Enmadou, seorang pengusir setan muda yang memiliki masa lalu yang bermasalah.

Namun, kenajisan Magano tidak berhenti. Ketika kedua pengusir setan ini menyaksikan sepasang anak yang diculik oleh Kegare, Benio bergegas menyelamatkan mereka, menyeret Rokuro bersamanya ke Magano. Terlibat dalam pertarungan yang hampir membuatnya kalah, Benio diselamatkan oleh Rokuro, yang menunjukkan bahwa dirinya mampu menjadi saingannya dalam hal bakat.

Sousei no Onmyouji bercerita tentang dua pengusir setan berbakat yang ditakdirkan untuk menjadi “Pengusir Bintang Kembar” dan orang tua Miko yang dinubuatkan sebagai reinkarnasi dari Abe no Seimei-yang akan membersihkan dunia dari segala ketidakmurnian.