Soul Eater NOT! adalah spin-off dan cerita sampingan yang mengambil latar waktu satu tahun sebelum kejadian di Soul Eater yang asli. Di Akademi Meister Senjata Kematian, manusia yang terlahir dengan kekuatan untuk berubah menjadi senjata dan mereka yang memiliki kekuatan untuk menggunakan senjata ini (Meister) berlatih untuk mengasah bakat alami mereka. Karakter-karakter dari seri utama terdaftar di kelas Bakat Khusus, di mana mereka berlatih untuk menjadi pejuang keadilan yang mampu mengalahkan ancaman yang memangsa nyawa tak berdosa-atau bahkan seluruh dunia.

Murid-murid lain di DWMA kurang berbakat. Anggota kelas Normally Overcome Target kurang fokus untuk menjadi pejuang keadilan dan lebih fokus untuk mengendalikan kekuatan mereka agar tidak melukai diri mereka sendiri atau orang lain di sekitar mereka. Tsugumi Harudori, seorang murid baru yang dapat berubah menjadi tombak, bertemu dengan Meisters Meme Tatane dan Anya Hepburn dan dengan cepat menjadi ragu-ragu untuk memilih siapa di antara kedua teman barunya itu yang akan menjadi pasangannya. Saat mereka belajar menggunakan kekuatan ini dan menyesuaikan diri, kehidupan mereka sebagai siswa biasa akan jauh dari kata normal.