Di ambang kekeringan yang dahsyat, Para Pembaca Bintang Kekaisaran Shin Yogo harus merancang rencana untuk menghindari kelaparan massal. Dalam mitos kuno tertulis bahwa kaisar pertama, bersama delapan prajurit, membunuh setan air untuk menghindari kekeringan besar dan menyelamatkan tanah yang kelak menjadi Shin Yogo. Jika setan air muncul kembali, kematiannya dapat membawa keselamatan. Namun, setan air itu muncul dalam tubuh putra kaisar, Pangeran Chagum—atas perintah kaisar, Chagum harus dikorbankan untuk menyelamatkan kerajaan.

Sementara itu, seorang tentara bayaran misterius bernama Balsa tiba di Shin Yogo untuk urusan bisnis. Setelah menyelamatkan Chagum dari upaya pembunuhan yang terselubung, ia ditugaskan oleh ibu Chagum untuk melindunginya dari kaisar dan pemburunya. Terikat oleh sumpah suci yang pernah ia buat, Balsa menerima tugas tersebut.

Seirei no Moribito mengikuti perjalanan Balsa dalam melindungi Chagum, menjelajahi keindahan kehidupan, alam, keluarga, dan ikatan yang terbentuk antara orang asing.