Lahir dari keluarga kerajaan, Pacifica Casull mendapat julukan “Putri yang Dibuang” setelah ramalan kiamat meramalkan bahwa ia akan menghancurkan dunia pada ulang tahunnya yang ke-16. Diselamatkan dari kematian yang pasti oleh sebuah keluarga baik hati, ia berlindung bersama kakak dan adik angkatnya, Shannon dan Raquel Casull. Ketika kabar tentang kelangsungan hidupnya sampai ke telinga para pengikut Dewa Mauser, mereka memerintahkan kematiannya dengan segala cara, memaksa Pacifica untuk melarikan diri demi menyelamatkan nyawanya.

Diteror oleh ancaman dari gereja, bangsawan, dan bahkan rakyat biasa, ketiga saudara kandung itu berusaha melarikan diri dari nasib yang ditakdirkan Pacifica bawa, sambil terus mempertanyakan apakah nyawa seorang gadis layak untuk kehancuran dunia. Sifat sejati Scrapped Princess, beserta pengungkapan mengerikan tentang dunia itu sendiri, semakin jelas seiring mendekatnya ulang tahun ke-16 sang putri.