Pianis klasik yang introvert dan siswa berprestasi, Kaoru Nishimi, baru saja tiba di Kyushu untuk tahun pertamanya di sekolah menengah atas. Karena selalu berpindah-pindah dari satu tempat ke tempat lain sejak masa kecilnya, ia membuang semua harapan untuk bisa menyesuaikan diri, dan mempersiapkan diri untuk tahun yang sepi dan tidak berarti. Hingga ia bertemu dengan Sentarou Kawabuchi yang terkenal nakal.

Kecintaan Sentarou yang tak terukur pada musik jazz menginspirasi Kaoru untuk belajar lebih banyak tentang genre ini, dan sebagai hasilnya, perlahan-lahan ia mulai keluar dari cangkangnya dan mendapatkan teman pertamanya. Kaoru mulai bermain piano di sesi jazz sepulang sekolah, yang terletak di ruang bawah tanah toko kaset milik keluarga Ritsuko Mukae. Saat dia menemukan kegembiraan yang luar biasa dalam menggunakan bakat musiknya untuk memberikan kesenangan bagi dirinya sendiri dan orang lain, musim panas Kaoru mungkin akan menjadi musim panas yang akan selalu dikenangnya.

Sakamichi no Apollon adalah kisah mengharukan tentang persahabatan, musik, dan cinta yang mengisahkan tiga orang unik yang dipertemukan oleh apresiasi mereka terhadap musik jazz.