Pada tahun-tahun terakhir era Bakumatsu, hidup seorang pembunuh legendaris yang dikenal sebagai Hitokiri Battousai. Dikenal sebagai pembunuh tanpa ampun, ia tak tertandingi di seluruh negeri, namun secara misterius menghilang pada puncak Revolusi Jepang. Sepuluh tahun damai telah berlalu sejak itu, namun sebutan Battousai masih menakutkan hati para veteran perang.

Tanpa mereka ketahui, Battousai telah meninggalkan gaya hidup berdarahnya dalam upaya untuk menebus dosanya, kini hidup sebagai Kenshin Himura, seorang pedang pengembara dengan sikap ceria dan tekad yang kuat. Berjanji tidak akan membunuh lagi, Kenshin mendedikasikan dirinya untuk melindungi yang lemah. Suatu hari, ia bertemu Kaoru Kamiya di dojo kendo-nya, yang terancam oleh seorang penipu yang mengaku sebagai Battousai. Setelah mendapat bantuan dari Kenshin, Kaoru mengizinkannya tinggal di dojo, dan begitu mantan pembunuh itu sementara menghentikan perjalanannya.

Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan menceritakan kisah Kenshin saat ia berusaha menyelamatkan mereka yang membutuhkan pertolongan. Namun, saat musuh dari masa lalu dan masa kini mulai muncul, apakah pembunuh yang telah bertobat ini mampu mempertahankan idealismenya yang baru?