Setelah ibunya memenangkan perjalanan gratis ke pulau-pulau, pelatih Pokémon Satoshi dan rekannya Pikachu pergi ke Pulau Melemele di wilayah Alola yang indah, yang dipenuhi dengan banyak Pokémon baru dan bahkan berbagai macam wajah yang sudah tidak asing lagi. Karena sangat ingin menjelajahi pulau ini, Satoshi dan Pikachu menjadi sangat bersemangat, dan dengan cepat tersesat saat mengejar seekor Pokémon. Pasangan ini akhirnya menemukan Sekolah Pokémon, sebuah institusi di mana para siswa datang untuk belajar lebih banyak tentang makhluk-makhluk menarik ini.

Di sekolah tersebut, ketika dia dan salah satu muridnya, Kaki, berselisih dengan preman-preman jahat dari Tim Tengkorak, Satoshi menemukan kekuatan luar biasa dari Z-Moves, serangan dahsyat yang berasal dari wilayah Alola yang mengharuskan pelatih dan Pokémon untuk selaras. Malam harinya, dia dan Pikachu bertemu dengan dewa Pokémon penjaga Pulau Melemele, Kapu Kokeko yang misterius. Pokémon legenda ini menganugerahkan Z-Ring kepada mereka, alat yang diperlukan untuk menggunakan Z-Moves. Terpesona oleh pertarungan mereka sebelumnya dan sekarang memiliki Z-Ring, Satoshi dan Pikachu memutuskan untuk tetap tinggal di Wilayah Alola untuk belajar dan menguasai kekuatan serangan baru yang dahsyat ini.

Mendaftar di Sekolah Pokémon, Satoshi bergabung dengan teman-teman sekelasnya seperti Lillie, yang menyukai Pokémon namun tidak bisa menyentuhnya, Kaki, dan masih banyak lagi. Di sela-sela menghadiri kelas, melawan Team Rocket-yang juga telah tiba di Alola untuk membuka jalan bagi rencana masa depan organisasi mereka-dan mengikuti Island Challenge yang diperlukan untuk menguasai Z-Moves, Satoshi dan Pikachu berada dalam petualangan baru yang mengasyikkan.