Lokasi cerita adalah Kota Ayanagi, sebuah kota yang terletak di dekat Laut Jepang. Kota ini merupakan kota futuristik yang dibangun untuk memulihkan diri dari bencana yang disebabkan oleh “Sindrom Apati” sepuluh tahun yang lalu. Siswa SMA Shin Kanzato bersama adiknya Jun, bertemu kembali dengan kakak mereka Ryou, yang merupakan kepala polisi Kota Ayanagi, setelah sepuluh tahun. Pada saat itu, serangkaian insiden aneh terjadi di Kota Ayanagi, seperti kru kapal selam yang tiba-tiba menghilang saat berada di dalam kapal selam, atau gejala tanpa jiwa yang mengganggu dunia setelah sepuluh tahun, atau kasus mayat terbalik di mana seorang siswa mengambil penampilan yang kejam. Ryou melacak organisasi di balik serangkaian insiden tersebut, dan setelah terlibat dalam insiden-insiden tersebut, Shin terbangun “Persona.”