Saat musim berganti dari musim semi ke musim panas, Makoto Yuuki tetap bersama dengan Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). Tim ini terus mengalahkan Shadows besar dan kecil, tetapi mereka sekarang berhadapan dengan musuh baru: Strega, sekelompok pengguna Persona nakal yang ingin memanfaatkan Dark Hour untuk keuntungan mereka-tampaknya Strega mungkin memiliki petunjuk tentang sifat asli Dark Hour.

Ketika SEES menikmati liburan musim panas di Yakushima, mereka bergabung dengan Aegis, android amnesia yang dirancang untuk menghancurkan Shadows. Sementara dia membuktikan dirinya sebagai sekutu yang kuat, dia secara tak terduga tertarik pada Makoto dan terus berada di sisinya. Saat mereka menyelidiki lebih dalam misteri Dark Hour, sifat hubungan misterius yang mengikat keduanya secara perlahan-lahan terungkap.