Hanya sedikit perubahan dalam rutinitas harian Kenji Seki. Setiap pagi, ia membawa anjingnya ke pantai dengan harapan dapat melihat sekilas teman sekelasnya, Kahori Harukawa, saat ia berselancar. Setelah itu, ia bertemu dengan tetangga dan teman masa kecilnya, Natsuki Suzuura, dan mereka berjalan kaki ke sekolah. Pada intinya, dia menjalani kehidupan yang sangat indah di mana satu-satunya hal yang harus dia khawatirkan adalah bagaimana akhirnya dia bisa menyatakan perasaannya kepada Kahori.

Rutinitas kehidupan Kenji terganggu oleh kedatangan seorang siswa pindahan yang misterius. Ryouichi Kyougoku, yang mengaku sebagai cenayang, memiliki karisma dan popularitas yang selalu diimpikan oleh Kenji. Tak lama kemudian, Kahori mulai menunjukkan perasaannya pada Ryouichi, dan Natsuki menjadi menjauh setiap kali Kenji mencoba membicarakan perasaannya.

Saat kehidupan Kenji menjadi berantakan, bagaimana kedatangan Ryouichi akan berdampak pada orang-orang di sekitarnya? Nerawareta Gakuen mengikuti para siswa SMA yang dulunya biasa-biasa saja saat mereka terlibat dengan hal-hal gaib.