Sudah dua setengah tahun sejak Naruto Uzumaki meninggalkan Konohagakure, Desa Daun Tersembunyi, untuk menjalani latihan intensif setelah peristiwa yang memicu keinginannya untuk menjadi lebih kuat. Kini, Akatsuki, organisasi misterius ninja pemberontak elit, semakin mendekati rencana besar mereka yang berpotensi mengancam keselamatan seluruh dunia shinobi.

Meskipun Naruto kini lebih dewasa dan peristiwa-peristiwa gelap mengintai di cakrawala, kepribadiannya hampir tidak berubah—masih ceroboh dan kekanak-kanakan—meski kini ia jauh lebih percaya diri dan memiliki tekad yang lebih besar untuk melindungi teman-temannya dan rumahnya. Apapun yang terjadi, Naruto akan terus berjuang untuk apa yang penting baginya, bahkan jika harus mengorbankan tubuhnya sendiri, dalam kelanjutan saga tentang bocah yang ingin menjadi Hokage.