Dipimpin oleh Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, dan Sai ditugaskan untuk menangkap Mukade, seorang ninja nakal yang mengejar cakra kuno Ryuumyaku yang terletak di bawah reruntuhan Rouran. Meskipun Ryuumyaku telah disegel oleh Hokage Keempat, kelompok ini gagal mencegah Mukade melepaskan kekuatannya. Akibatnya, ledakan energi yang kuat menelan Naruto dan Yamato sebelum mereka dapat melarikan diri.

Ketika dia terbangun di sebuah kerajaan yang megah namun tidak bersahabat, Naruto bertemu dengan ratu mudanya, Saara, dan tiga ninja Konohagakure dalam sebuah misi rahasia. Mereka mengungkapkan kepadanya bahwa dia telah melakukan perjalanan waktu ke Rouran 20 tahun ke masa lalu! Lebih buruk lagi, Mukade telah menyusup ke dalam istana kerajaan, menjadi menteri yang paling dipercaya oleh ratu dengan nama samaran Anrokuzan.

Bergabung dengan tiga ninja, Naruto harus melindungi nyawa Saara tanpa gagal untuk menghentikan rencana penjahat dan kembali ke masa kini.