Pada suatu hari musim panas yang hangat, seorang anak laki-laki mendengar suara lonceng berdentang, seolah-olah sedang merayakan sesuatu, di gunung dekat rumahnya. Beberapa tahun kemudian, di gunung yang sama, Ginko sang mushishi bertemu dengan seorang gadis aneh yang tubuhnya ditumbuhi rumput liar. Tak lama kemudian, Ginko secara tak sengaja bertemu dengan Yoshiro, seorang anak laki-laki yang kini telah dewasa, dalam perjalanannya menuruni gunung. Dengan bantuan Yoshiro, Ginko segera mulai mengungkap siapa gadis misterius ini dan apa yang terjadi padanya.

Sebuah adaptasi dari cerita terakhir manga, Mushishi Zoku Shou: Suzu no Shizuku mengikuti perjalanan Ginko yang aneh di tengah dunia gaib untuk mengungkap misteri di balik gadis misterius bernama Kaya dan gunung yang telah menjadi rumahnya.