Lima puluh tahun yang lalu, makhluk mengerikan yang dijuluki sebagai “musuh umat manusia” tiba-tiba muncul di seluruh dunia. Untuk memerangi ancaman ini, para remaja yang dikaruniai kemampuan supernatural yang disebut “Talent”-seperti pyrokinesis dan perjalanan waktu-mengasah kekuatan mereka di sebuah akademi di pulau terpencil.

Namun, Nanao Nakajima sangat berbeda dengan yang lain di pulau itu: dia tidak memiliki Bakat. Dengan banyaknya remaja “Berbakat” di sekelilingnya, Nanao sering menjadi target perundungan, tetapi meskipun begitu, dia tetap berusaha untuk menyelesaikan pelatihannya. Segera setelah itu, dua murid pindahan, Kyouya Onodera yang misterius dan Nana Hiiragi yang bisa membaca pikiran, bergabung ke dalam kelas. Namun, ketika semua orang mulai berbaur sebagai rekan seperjuangan, penghilangan misterius mulai mengancam seluruh fondasi kelas.