Pada A.G. 101 (tahun ke-101 dari kalender Generasi Lanjutan), sebuah entitas misterius yang hanya dikenal sebagai “UE”, atau “musuh yang tidak dikenal”, menyerang dan menghancurkan koloni luar angkasa Angel. Serangan brutal ini menjadi terkenal sebagai “Hari Malaikat Jatuh”, dan menandai dimulainya perang umat manusia untuk bertahan hidup.

Serial ini dimulai pada A.G. 108 ketika UE menyerang koloni luar angkasa Ovan, tempat Flit Asuno tinggal bersama ibunya. Ibu Flit terbunuh oleh UE, dan di dalam barang-barangnya (dalam sebuah benda yang disebut “AGE Device”), ia menemukan cetak biru untuk senjata ampuh dari masa lalu – mesias kuno bernama “Gundam.”

Dari cetak biru ini, Flit menghabiskan beberapa tahun berikutnya untuk mempelajari teknik di pangkalan Federasi Bumi di koloni luar angkasa Nora dan merancang AGE-1 Gundam. Tujuh tahun kemudian, di A.G. 115, Flit menyelesaikan Gundam, tepat saat UE menyerang Nora. Pertempuran Flit dan garis keturunannya mengemudikan AGE-1 untuk melindungi umat manusia akan segera dimulai.