Yukiteru Amano adalah seorang siswa sekolah menengah pertama yang pemalu, yang secara teratur melacak apa yang dia lakukan dalam kesehariannya dengan menuliskan semua kegiatannya di ponselnya-sebuah buku harian digital. Meskipun tidak memiliki teman di sekolah, Yukiteru sering terlihat berbicara dengan teman khayalannya, Deus Ex Machina, dewa ruang dan waktu; dan pelayan Deus, Mur Mur.

Suatu hari, Yukiteru terbangun dan menemukan bahwa kejadian-kejadian tertentu di hari itu telah ditampilkan di ponselnya. Meskipun pada awalnya menganggapnya sebagai suatu kebetulan, namun perlahan-lahan ia menyadari bahwa kejadian yang tertulis di ponselnya benar-benar terjadi dalam waktu dekat. Setelah menghabiskan hari dengan memanfaatkan aset baru ini, Yukiteru mengetahui bahwa teman sekelasnya, Yuno Gasai, memiliki buku harian yang serupa.

Saat keduanya bekerja sama untuk mengalahkan seorang pengejar aneh dan kembali ke rumah mereka masing-masing, Deus Ex Machina menjelaskan bahwa mereka-bersama 10 kontestan lainnya-telah ditarik ke dalam permainan bertahan hidup yang pemenangnya akan menjadi penerus dewa. Tanpa pilihan lain, Yukiteru dan Yuno harus menggunakan ponsel mereka-sekarang disebut “Future Diaries”-untuk bertahan hidup dalam battle royale yang tak kenal ampun ini.