Delapan tahun setelah peristiwa Macross F, sebuah fenomena misterius yang dikenal sebagai Sindrom Var secara bertahap melanda galaksi. Tergantung pada generasi baru pilot Valkyrie yang berkemampuan tinggi untuk menghadapi ancaman universal ini. Dan jika mereka belum cukup, tim pesawat tempur Ksatria Udara Valkyrie dari Kerajaan Angin datang untuk menantang Skuadron Delta.