Sebagai seorang anak, Riki Naoe menutup diri dari dunia, berkat diagnosis narkolepsi setelah kematian tragis kedua orang tuanya. Namun, Riki terselamatkan ketika, pada suatu hari yang menentukan, seorang anak laki-laki bernama Kyousuke merekrutnya ke dalam tim yang menamakan diri mereka Little Busters. Ditemani oleh Masato, Kengo, dan Rin, anak-anak yang tidak biasa ini menghabiskan masa kecil mereka dengan memerangi kejahatan dan menikmati masa muda mereka.

Tahun demi tahun berlalu, dan bahkan di sekolah menengah atas, rekan-rekan satu tim yang akrab ini tetap bersama. Kyousuke memutuskan untuk menghidupkan kembali Little Busters dengan membentuk tim bisbol karena ini adalah tahun terakhirnya bersama mereka. Namun, mereka punya masalah: jumlah anggotanya tidak cukup! Keadaan berbalik, karena sekarang giliran Riki untuk menjangkau dan merekrut teman-teman baru ke dalam Little Busters, seperti yang pernah dilakukan Kyousuke untuknya.
Kemudian, sebuah pertanda muncul-Rin menemukan surat aneh yang ditempelkan pada kucingnya, yang menugaskan mereka untuk mengungkap “rahasia dunia ini” dengan menyelesaikan tugas-tugas tertentu. Rahasia apakah ini, dan mengapa disembunyikan? Terserah para Little Busters untuk mencari tahu!