Lamune bercerita tentang seorang anak laki-laki bernama Kenji dan teman masa kecilnya, Nanami. Meskipun semua orang sepertinya tahu bahwa mereka memiliki hubungan, keduanya tidak berniat untuk mengembangkan hubungan itu lebih jauh dari sekadar teman dekat. Cerita ini menggunakan kilas balik untuk menjelaskan mengapa mereka begitu dekat, dan setiap tindakan yang dilakukan tidak membuat mereka berjauhan, melainkan justru mendekatkan mereka.