Selama tiga tahun terakhir, Sekolah Menengah Teikou telah mendominasi kancah bola basket nasional dengan barisan pemain legendarisnya: “Generasi Keajaiban”. Tim ini terdiri dari lima anak ajaib yang unggul dalam olahraga ini, tetapi seorang “Phantom Sixth Man” mengintai di balik bayang-bayang dan membantu membuat tim ini mendapatkan status yang dihormati. Pada akhirnya, pertumbuhan mereka yang luar biasa membuat mereka lelah dengan olahraga yang mereka cintai dan membuat mereka berpisah saat SMA.

Untuk mencari anggota baru, tim bola basket SMA Seirin merekrut Taiga Kagami dan Tetsuya Kuroko, dua siswa baru yang tampaknya memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan. Baru saja kembali dari Amerika, Kagami memiliki bakat alami dan kecintaan yang luar biasa terhadap olahraga ini. Sementara itu, Kuroko tidak memiliki kehadiran dan tidak menunjukkan bakat atletik yang luar biasa. Namun, kemudian terungkap bahwa dia adalah Phantom Sixth Man-nya Teikou-pemain yang pernah menjadi bagian dari Generasi Keajaiban.

Kuroko ingin membuktikan kepada tim Seirin bahwa dia kuat dengan caranya sendiri. Melihat keyakinannya, Kagami membentuk kemitraan yang dinamis dengan Kuroko, dan Kuroko berjanji untuk mendukung “cahaya” Kagami sebagai “bayangannya”. Bersama rekan-rekan tim Seirin yang baru, mereka bertujuan untuk menaklukkan kejuaraan Interhigh yang akan datang, tetapi kemunculan kembali mantan rekan satu tim Kuroko memperumit rencana mereka.