Berkat pengorbanan para pahlawan perang seperti Amuro Ray, tahun ke-105 Universal Century menyaksikan era perdamaian yang diperoleh dengan susah payah namun berumur pendek. Federasi Bumi mempertahankan cengkeraman militeristik di planet ini dan koloni luar angkasa di sekitarnya. Meskipun pemberontakan Char Aznable terhadap Federasi yang lalai menemui kegagalan, filosofi revolusionernya tentang kebebasan sejati bagi semua manusia tetap hidup.

Meskipun merupakan putra seorang komandan Federasi yang terkenal, Hathaway Noa mewujudkan kesetiaan abadi prajurit Amuro Ray dan semangat militan pemimpin pemberontak Char Aznable. Dihantui oleh kenangan tentang Pemberontakan Char, Hathaway memimpin faksi pembangkang yang dikenal sebagai Mafty. Dia menggunakan nama samaran “Mafty Navue Erin” dan melakukan tindakan kekerasan sebagai pemberontakan terhadap tirani Federasi yang semakin meningkat.

Setelah menggagalkan pengambilalihan pesawat oleh kelompok teroris yang secara curang mengaku sebagai Mafty, identitas rahasia Hathaway ditemukan oleh seorang wanita muda bernama Gigi Andalucia. Hathaway berteman dengan Gigi dan kolonel Federasi Kenneth Sleg, tetapi kehidupan gandanya membahayakan mereka saat konflik bersenjata antara Mafty dan Federasi memuncak.