Beberapa gadis muda dengan kekuatan aneh dan sebatang pohon yang tumbuh di dalam gerbong kereta api bertahan hidup di tanah yang sunyi, mencari sumber air terakhir. Perjuangan rutin mereka untuk bertahan hidup terganggu oleh kedatangan Wakaba, seorang anak laki-laki yang tidak memiliki ingatan selain namanya sendiri.

Para gadis dan teman barunya melakukan perjalanan berbahaya melintasi lautan kabut merah yang membara-semua demi menemukan apa yang mereka butuhkan untuk bertahan hidup di pulau-pulau yang jauh dan berbahaya yang penuh dengan serangga robot. Nasib akhir mereka akan ditentukan oleh kekuatan mereka sendiri, bersama dengan kemampuan Wakaba yang ingin tahu untuk memahami Kemurikusa: daun bercahaya misterius dengan kekuatan yang menakjubkan. Selain para gadis, Wakaba, dan gerombolan serangga yang rakus, Kemurikusa adalah percikan kehidupan terakhir yang masih hidup di tanah ini. Bagaimana semuanya bisa berakhir seperti ini? Mengapa ada begitu banyak bangunan kosong tanpa penghuni? Wakaba dan para gadis tidak memiliki jawaban untuk pertanyaan-pertanyaan ini, yang berarti kebenarannya hanya dapat ditemukan di dalam Kemurikusa.