Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou, dan Touko Aozaki mulai menyelidiki seorang pengebom setelah mereka menyaksikan ledakan di dekatnya. Pada malam yang sama, Shiki melihat sekilas pelaku pengeboman, dan akibatnya, dia terpaku padanya. Untuk menyingkirkannya, orang gila ini memainkan permainan kucing-kucingan untuk memancingnya ke tempat parkir yang kosong. Dan bom bukanlah satu-satunya senjata yang dimilikinya: ia juga memiliki kemampuan untuk melihat masa depan, dan ia berniat untuk mengakhiri hidup Shiki.

Di tempat lain beberapa hari sebelumnya, seorang siswi di Akademi Perempuan Reien, Shizune Seo, berencana untuk pulang ke rumah untuk liburan musim panas. Namun, ketika keluar dari bus, dia memiliki visi masa depan yang melibatkan kematian orang asing di dekatnya. Ketika mencoba memperingatkan orang asing tersebut, ia bertemu dengan Mikiya-yang berhasil memanfaatkan informasi Shizune secara efektif.

Selanjutnya, seorang karyawan dikirim untuk bekerja dengan membawa anak perempuan majikannya yang berusia 10 tahun. Namun, subjek penyelidikannya ternyata adalah hantu dari masa lalu mereka berdua.

Mirai Fukuin menceritakan kisah-kisah yang berlatar belakang pada waktu utama film Kara no Kyoukai, dan juga satu kisah yang berlatar belakang masa depan.