Setelah peristiwa Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi telah koma selama dua tahun akibat kecelakaan lalu lintas. Ketika akhirnya ia terbangun, ia tidak memiliki ingatan tentang masa lalunya dan dihantui oleh kesepian yang mendalam. Yang lebih aneh lagi, ia menyadari adanya garis-garis gelap yang mengelilingi benda-benda di sekitarnya, dan jika ia menyentuhnya, ia dapat membongkar objek tersebut—sesuatu yang benar-benar menakutkan baginya. Temannya, Mikiya Kokutou, meminta bantuan Touko Aozaki, seorang penyihir yang dapat membantu Shiki memahami apa yang sebenarnya mampu dilakukan oleh matanya—“Mata Mistis Penglihatan Kematian”—dan bagaimana menggunakannya dengan benar.