Serangkaian bunuh diri yang anehnya mirip-mirip menghiasi headline koran di Jepang pada akhir dekade 1990-an. Di tengah semua kemiripan yang aneh, ada satu detail yang menonjol di atas yang lain: para korban semua mengakhiri hidup mereka dengan melompat dari Gedung Fujou, sebuah bangunan tua yang terbengkalai yang menjulang tinggi di atas kota.

Shiki Ryougi, seorang gadis berhatu dingin yang tinggal di apartemen kosong, mencurigai bahwa peristiwa-peristiwa mengerikan ini memiliki penyebab supranatural. Memiliki kekuatan mistis, Shiki bekerja sama dengan Touko Aozaki, seorang detektif pembuat boneka yang ahli dalam sihir, dan temannya Mikiya Kokotou yang bekerja sebagai asisten Touko, untuk menyelidiki insiden-insiden tersebut.

Shiki mengungkap misteri tersebut saat ia menjelajahi dunia yang misterius untuk mengungkap rahasia gelap di balik fenomena aneh tersebut.