Armada Abyssal yang asing terus mengancam umat manusia, dan Kanmusu-para gadis yang dikaruniai roh kapal perang Jepang-adalah harapan terakhir umat manusia. Dengan perjuangan mereka yang terus berlanjut, Kanmusu hampir pasti akan tenggelam di bawah ombak menuju kehancuran mereka. Kapal perusak kelas Mutsuki, Kisaragi, adalah salah satu kapal yang bernasib malang.

Namun, setelah serangan malam yang sukses, Kanmusu dari Armada Kedelapan menemukan Kisaragi dalam keadaan hidup namun tidak sadarkan diri, mengambang ke permukaan laut. Namun, situasi yang tidak wajar dan perilaku aneh Kisaragi membuat Kanmusu waspada terhadapnya. Selain itu, kapal-kapal lain mulai mendengar suara-suara misterius dan menemukan perairan merah yang merusak peralatan mereka. Anehnya, Fubuki, kapal utama kapal perusak kelas Fubuki, tampak tidak terpengaruh.

Saat Fubuki dan Kanmusu lainnya menangani kejadian-kejadian yang tidak biasa di sekitar mereka, kenyataan pahit tentang keberadaan mereka dan Armada Abyssal mulai terkuak. Meski begitu, para gadis harus tetap menghadap ke depan untuk membebaskan laut dan melindungi orang-orang yang paling mereka sayangi.