Setelah menemukan pedang misterius di gudang rumahnya, seorang siswi kelas 3 SMA, Yui Kusanagi, tiba-tiba menemukan dirinya berada di dunia yang berbeda. Saat menjelajahi lingkungan barunya, ia bertemu dengan lima pria yang aneh dan tampan sebelum bertatap muka dengan Zeus: raja para dewa.

Untuk memulihkan hubungan yang memburuk antara para dewa dan manusia, Zeus telah menciptakan Akademi para dewa dan memilih Yui sebagai satu-satunya instruktur. Dia memiliki waktu satu tahun untuk mendidik para dewa yang masih muda dan enggan – termasuk lima orang asing yang dia temui sebelumnya – tentang apa artinya menjadi manusia sambil belajar tentang para dewa itu sendiri; jika tidak, mereka semua akan terjebak di alam Zeus selamanya.