Tujuh Misteri yang terkenal yang tampaknya dimiliki oleh setiap sekolah adalah inti dari legenda urban Jepang. Salah satu kisah yang paling terkenal adalah Hanako-san: hantu seorang gadis muda yang menghantui kamar mandi sekolah.

Akademi Kamome memiliki legenda Hanako-san versinya sendiri. Rumornya, jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, dia akan mengabulkan permintaan pemanggilnya. Terpikat oleh gosip tersebut, banyak orang telah mencoba memanggilnya, namun selalu gagal. Namun, ketika Nene Yashiro, seorang gadis yang mengharapkan keberuntungan romantis, berani memanggil Hanako-san, ia menemukan bahwa “gadis” yang digosipkan itu sebenarnya adalah seorang anak laki-laki!

Setelah serangkaian kejadian yang tidak menguntungkan yang melibatkan hasrat romantis Yashiro, dia tanpa sadar terjerat dalam dunia supernatural, menjadi asisten Hanako-kun. Tak lama kemudian, ia mengetahui tugas Hanako-kun yang kurang dikenal: menjaga keseimbangan antara manusia dan penampakan.