Digagalkan lagi oleh Naraku, Inuyasha, Kagome Higurashi, dan teman-temannya harus melanjutkan perburuan mereka untuk mendapatkan pecahan Permata Shikon yang tersisa, agar tidak berubah menjadi permata yang rusak di tangan Naraku. Namun Naraku memiliki rencana sendiri untuk mendapatkannya, dan akan menghancurkan siapa pun dan apa pun yang menghalanginya-bahkan bawahannya sendiri.

Bahaya yang terus menerus dan tak kenal menyerah yang ditimbulkan oleh Naraku memaksa Sango dan Miroku untuk memutuskan apa yang paling penting bagi mereka-satu sama lain atau tugas mereka dalam pertempuran. Sementara itu, Inuyasha harus memutuskan apakah hatinya ada pada Kikyou atau Kagome, sebelum takdir menentukannya. Di tengah perlombaan untuk menemukan pecahan-pecahan itu, Inuyasha dan saudaranya, Sesshoumaru, juga harus menyelesaikan perseteruan mereka dan bekerja sama dalam konfrontasi terakhir mereka dengan Naraku, karena ini adalah pertarungan yang harus mereka menangkan untuk menghentikan kejahatan dan kekejamannya untuk selamanya.