Pada tahun 2043, <Infinite Dendrogram>, VRMMO penyelaman penuh pertama yang sukses di dunia dirilis. Selain kemampuannya untuk mensimulasikan panca indera dengan sempurna, bersama dengan banyak fitur luar biasa lainnya, game ini berjanji untuk menawarkan kepada para pemainnya sebuah dunia yang penuh dengan kemungkinan yang tak terbatas. Hampir dua tahun kemudian, seorang mahasiswa baru yang akan segera masuk perguruan tinggi, Reiji Mukudori, akhirnya dapat membeli salinan game ini dan mulai bermain. Dengan bantuan dari kakak laki-lakinya yang berpengalaman, Shuu, dan rekannya, Embryo, Reiji memulai petualangannya di dunia <Infinite Dendrogram>. Apa yang akan dia temukan dan temui di dunia game yang dikenal dengan realisme yang luar biasa dan kemungkinan yang tak terbatas ini?