Sementara sekolah-sekolah lain di Jepang bersaing untuk gelar tim sepak bola terbaik di negara ini, klub sepak bola Raimon Middle School, Inazuma Eleven, berjuang untuk bangkit dari ambang pembubaran. Cucu dari penjaga gawang generasi pertama Inazuma Eleven dan kapten tim, Mamoru Endou, mengambil tantangan untuk menghidupkan kembali klub yang telah lama terabaikan. Untuk melakukannya, ia membutuhkan sedikit bantuan dan lebih dari sekadar keberuntungan.

Mamoru Endou menemukan harapan di tangan Shuuya Gouenji, seorang pemain muda berbakat yang telah menyerah pada sepak bola. Mamoru bertekad untuk mengajak Shuuya dan rekrutan baru lainnya bergabung dengan timnya, apa pun biayanya. Apakah passion dan tekadnya cukup untuk menyelamatkan klub yang sedang terpuruk? Atau apakah tidak ada lagi harapan untuk tim ini?