Tenma Matsukaze adalah seorang siswa baru di SMP Raimon. Karena kecintaannya pada sepak bola, dia memutuskan untuk bergabung dengan tim sepak bola sekolah, yang mendapatkan reputasinya setelah penampilan luar biasa yang ditunjukkan sepuluh tahun sebelumnya di Football Frontier International, sebuah turnamen yang menjadi tuan rumah bagi tim-tim muda terbaik yang ada di dunia. Sayangnya, sekolah yang dulunya terkenal ini tidak lagi memiliki semangat sepak bola seperti dulu.

Hal ini terutama disebabkan oleh fakta bahwa sepak bola di Jepang sekarang dikendalikan oleh entitas gelap yang dikenal sebagai “Sektor Kelima”. Mereka sendiri yang menentukan nasib setiap pertandingan, menginstruksikan tim untuk menang atau kalah. Tindakan Sektor Kelima telah menghancurkan tim-tim sepak bola di negara ini, yang tidak lagi memiliki kecintaan terhadap permainan.

Tenma dan rekan-rekan setimnya akan berusaha mengubah paradigma ini dan melawan para penindas mereka yang jahat. Untungnya, mereka tidak akan sendirian dalam pertempuran ini, karena mereka akan mendapatkan bantuan dari kelompok yang dikenal sebagai “Perlawanan”. Dukunglah anak-anak Inazuma Eleven Go saat mereka bertarung dalam pertarungan yang hebat!