Ketika Shinsei Inazuma Jepang akan bertanding dengan Inazuma Legend Jepang, serangan misterius dari seseorang dan segerombolan robot menginterupsi, dan kekuatan gadis misterius lainnya membawa dunia ke dimensi lain. Saat dunia Inazuma Eleven Go dan Danball Senki W bertemu, kedua tim harus bekerja sama untuk mencari tahu apa yang terjadi pada dunia mereka.