Shuuichi Nitori, siswa kelas 5 SD yang banci, dianggap sebagai salah satu gadis tercantik di sekolah, namun yang membuatnya sangat kecewa, dia sebenarnya secara biologis adalah laki-laki. Untungnya, Shuuichi memiliki teman masa kecil yang memiliki perasaan tidak nyaman yang sama terkait dengan identitas gender: Yoshino Takatsuki, seorang tomboi kurus yang meskipun secara biologis adalah perempuan, namun ia tidak mengidentifikasi dirinya sebagai perempuan. Kedua sahabat ini memiliki rahasia yang sama dan menemukan penghiburan satu sama lain; namun, kehidupan mereka menjadi semakin rumit ketika mereka harus menapaki perairan asing di sekolah baru, berusaha mendapatkan teman baru, dan berjuang untuk mempertahankan teman lama. Dihadapkan dengan rintangan yang hampir tidak dapat diatasi, mereka harus belajar menghadapi kenyataan pahit tumbuh dewasa, menjadi transgender, hubungan, dan penerimaan.

Dipuji sebagai kisah yang sangat serius tentang identitas gender dan perjuangan LGBT, Hourou Musuko karya Takako Shimura berkisah tentang upaya Shuuichi dan Yoshino menemukan jati diri mereka yang sebenarnya ketika mereka memasuki masa puber, menjalin pertemanan, jatuh cinta, dan menghadapi beberapa pilihan yang sangat nyata dan sulit.